Mustafi telah bermain untuk pasukan Jerman sejak pasukan bawah-17 dan memenangi Kejohanan Bola Sepak Eropah bawah-17 UEFA 2009. Walau bagaimanapun, beliau menyatakan kepada media keinginannya untuk bermain bersama Albania, yang merupakan negara asal keluarganya. Pada 22 Januari 2014, media Albania melaporkan bahawa Mustafi telah dipanggil oleh pasukan Albania untuk perlawanan persahabatan seterusnya.

Walau bagaimanapun pada 28 Februari 2014, Joachim Löw memanggil Mustafi untuk memasuki pasukan kebangsaan Jerman pada perlawanan persahabatan menentang Chile. Pada 13 Mei, beliau membuat penampilan pertama antarabangsa pada perlawanan persahabatan menentang Poland.

Mustafi telah dipilih ke senarai 30 pemain ke Piala Dunia FIFA 2014 oleh jurulatih Löw. Selepas pada mulanya tidak termasuk dalam skuad Piala Dunia Jerman, beliau dipanggil untuk menggantikan Marco Reus yang mengalami kecederaan.

Pada 16 Jun 2014, Mustafi menggantikan Mats Hummels pada minit ke-73 untuk membuat debut Piala Dunia pada perlawanan pertama Piala DUnia menentang Portugal. Pada perlawanan kedua, beliau menggantikan Jérôme Boateng pada separuh masa keitka menentang Ghana. Beliau kemudian termasuk dalam kesebalasan utama Jerman untuk menghadapi perlawanan pusingan 16 menentang Algeria dan walau bagaimanapun, beliau digantikan oleh Sami Khedira kerana mengalami kecederaan pada paha kirinya. Selepas itu, Persatuan Bola Sepak Jerman (DFB) menyatakan Mustafi tidak dapat mengambil bahagian dalam Piala Dunia kerana mengalami kecederaan teruk.

Statistik